ده‌ها نفر روز یازده ماه رجب وارد منزل شیخ فضل‌الله شدند. وی را دستگیر و با درشکه به ادارة نظمیه بردند و زندانی کردند. رئیس نظمیه یپرم‌خان ارمنی از فاتحین تهران بود. مورخین به صور مختلف جریان بعد از بازداشت حاج شیخ‌فضل‌الله را نقل کرده‌اند. محاکمه‌ای که ترتیب داده شده با حضور چند نفر و حاکم آن حاج‌شیخ ابراهیم زنجانی بود. نامبرده عصر روز سیزده رجب شیخ را به عمارت خورشید واقع در کاخ گلستان بردند. تالار مفروش نبود وسط تالار یک میز گذاشته بودند یک طرف میز یک صندلی بود و یک طرف دیگرش یک نیمکت. شش نفر روی این نیمکت حاضر و آماده نشسته بودند. شیخ را روی صندلی نشاندند. مدیرنظام می‌گوید: من توی درگاه ایستاده بودم تقریباً بیست نفر تماشاچی هم بود. مجاهد و غیرمجاهد ولی همه از هم عقیده‌های خودشان بودند که به ایشان اجازه ورود داده بودند. سه نفر از این شش مستنطق را می‌شناخت یکی حاج شیخ‌ابراهیم زنجانی بود من او را می‌شناختم. اصلاً معلوم نبود این آخوند چه دین و آیینی دارد. در رأس این شش نفر مستنطق شیخ‌ابراهیم قرار داشت که فوراً آقا شروع کرد به سئوالات از اول تا آخر همه‌اش از تحصن حضرت عبدالعظیم سئوال کرد که چرا رفتی؟ چرا آن حرفها را زدی؟ چرا آن چیزها را نوشتی؟ پول از کجا آورده‌ای و از این چیزها. و آقا جواب می‌داد. خیلی می‌خواستند بدانند آقا مخارج حضرت عبدالعظیم را از کجا می‌آورده. آقا هم یکی یکی قرضهای خود را شمرد و آخر سرگفت دیگر نداشتم که خرج کنم وگرنه باز هم در حضرت عبدالعظیم می‌ماندم.
یکی از آن شش نفر از آقا سئوال کرد مگر محمدعلی شاه مخارج حضرت عبدالعظیم شما را نمی‌داد؟ آقا جواب داد شاه وعده‌هایی کرده بود ولی به وعده‌های خود وفا نکرد. در ضمن استنطاق، آقا اجازه نماز خواست، اجازه دادند. آقا عبایش را همان نزدیکی روی صحن اتاق پهن کرد و نماز ظهرش را خواند اما دیگر نگذاشتند نماز عصرش را بخواند. آقا این روزها همین طور مریض بود و پایش هم از همان وقت تیر خوردن درد می‌کرد زیر بازوی او را گرفتیم و دوباره روی صندلی نشاندیم و دوباره استنطاق شروع شد دوباره شروع کردند در اطراف تحصن حضرت عبدالعظیم سئوالات کردند. در ضمن سئوالات یپرم از در پایین آهسته وارد تالار شد و پنج شش قدم پشت سر آقا برای او صندلی گذاشتند. و نشست. آقا ملتفت آمدن او نشد. چند دقیقه‌ای که گذشت یک واقعه‌ای پیش آمد که تمام وضعیت تالار را تغییر داد. در اینجا من از آقا یک قدرتی دیدم که در تمام عمرم ندیده بودم. تمام تماشاچیان وحشت کرده بودند. تن من می‌لرزید. یک مرتبه آقا از مستنطقین پرسید: کدام یک از شما یپرم‌خان هستید؟! همه به احترام یپرم سرجایشان بلند شدند و یکی از آنها با احترام یپرم را که پشت سر آقا نشسته بود نشان داد و گفت یپرم‌خان ایشان هستند. آقا همینطور که روی صندلی نشسته بود و دو دستش را روی عصا تکیه داده بود به طرف چپ نصفه دوری زد و سرش را برگرداند و با تغیّر گفت: یپرم تویی؟! یپرم گفت: بله. شیخ فضل‌الله تویی؟! آقا جواب داد بله منم! یپرم گفت: تو بودی که مشروطه را حرام کردی؟! آقا جواب داد: بله من بودم و تا ابدالدهر هم حرام خواهد بود. مؤسسین این مشروطه همه لامذهبین هستند و مردم را فریب داده‌اند. آقا رویش را از یپرم برگرداند و به حالت اول خود درآورد. در این موقع که این کلمات با هیبت مخصوص از دهان آقا بیرون می‌آمد نفس از در و دیوار بیرون نمی‌آمد همه ساکت شده گوش می‌دادند. تن من رعشه گرفت با خود می‌‌گفتم این چه کار خطرناکی است که آقا دارد در این ساعت میکند؟ آخر یپرم رئیس مجاهدین و رئیس نظمیه آن وقت بود! بعد از چند دقیقه یپرم از همان راهی که آمده بود رفت و استنطاق هم تمام شد... فردای شهادت آقا، ورقه‌ای منتشر شد راجع به محاکمه شدن آقا چیزهایی در آن نوشته بودند که ابداً و اصلاً ربطی به آنچه من روز پیش دیده و شنیده بودم نداشت!
مدیرنظام می‌افزاید: از همان وقت آقا می‌دانست که او را می‌کشند. مخصوصاً وقتی که موقع برگشتن در توپخانه، آن بساط را دید دیگر حتم داشت. خود من در این هنگام به فاصلة یک متری آقا به لنگة شمالی در نظمیه تکیه داده بودم به کلی روحیه‌ام را باخته بودم هیچ امیدی نداشتم شب قبلش دار را در مقابل بالاخانه‌ای که آقا در آن حبس بودند برپا کرده بودند صحن توپخانه مملو از خلق بود. ایوان‌های نظمیه و تلگراف‌خانه و تمام اتاقها و پشت‌بامهای اطراف مالامال جمعیت بود. دوربینهای عکاسی در ایوان تلگراف‌خانه و چند گوشه و کنار دیگر مجهز و مسلط به روی پایه‌های سوار شده بودند. همه چیز گواهی می‌داد که هیچ جای امیدی نیست. تمام مقدمات اعدام از شب پیش تهیه دیده شده بود! یک حلقه مجاهد، دور دار دایره زده بودند. چهارپایه‌ای زیر دار گذاشته شده بود. مردم مسلسل کف می‌زدند و یک ریز فحش و دشنام می‌دادند. هیاهوی عجیبی صحن توپخانه را پر کرده بود که من هرگز نظیر آن را ندیده بودم. ناگهان یکی از سران مجاهدین که غریبه بود و من آن را نشناختم به سرعت وارد نظمیه شد و راه پله‌های بالا پیش گرفت تا برود پله‌های بالا آقا سرش را از روی دستهایش برداشت و به آن شخص آرام گفت: اگر من باید بروم آنجا (با دست میدان توپخانه را نشان داد) که معطلم نکنید آن شخص جواب داد: الآن تکلیف معین می‌شود و با سرعت رفت بالا و بلافاصله برگشت و گفت: بفرمائید آنجا! (میدان توپخانه را نشان داد). آقا با طمأنینه برخاست و عصازنان به طرف نظمیه رفت. جمعیت جلوی در نظمیه را مسدود کرده بود. آقا زیر در مکث کرد. مجاهدین مسلح مردم را پس و پیش کرده راه را جلوی او باز کردند آقا همانطور که زیر در ایستاده بود نگاهی به مردم انداخت و رو را به آسمان کرد و این آیه را تلاوت فرمود: «وَ اُفُوِضُ اَمْری اِلَی‌الله اِنَ‌‌اللهَ بَصیرٌ بِالْعِباد» و به طرف دار به راه افتاد...
روز 13 رجب 1327 قمری بود. روز تولد امیرالمؤمنین علی (علیه‌السلام). یک ساعت و نیم به غروب مانده بود. درهمین گیراگیر باد هم گرفت و هوا به هم خورد. آقا هفتادساله بود و محاسنش سفید بود. همین طور عصازنان و به طور آرام و با طمأنینه به طرف دار می‌رفت و مردم را تماشا می‌کرد. یک مرتبه به عقب برگشت و صدا زد «نادعلی»... نادعلی فوراً جمعیت را به هم زد و پرید و خودش را به آقا رسانید و گفت بله آقا. مردم که یک جار و جنجالی جهنمی راه انداخته بودند یک مرتبه ساکت شدند و می‌خواستند ببینند آقا چکار دارد خیال می‌کردند مثلاً وصیتی می‌خواهد بکند حالا همه منتظرند ببینند آقا چکار میکند... دست آقا رفت توی جیب بغلش و کیسه‌ای درآورد و انداخت جلوی نادعلی و گفت: علی این مهرها را خرد کن! الله اکبر کبیر! ببینید در آن ساعت بی‌صاحب، این مرد ملتفت چه چیزهایی بوده نمی‌خواسته بعد از خودش مهرهایش به دست دشمنانش بیفتد تا سندسازی کنند... نادعلی همانجا چند تا مهر از توی کیسه درآورد و جلوی چشم آقا خرد کرد. آقا بعد از این که از خردشدن مهرها مطمئن شد به نادعلی گفت برو و دوباره راه افتاد و به پای چهارپایه دار رسید. پهلوی چهارپایه ایستاد. اول عصایش را به جلو میان جمعیت پرتاب کرد قاپیدند عبای نازک مشکی تابستانی دوشش بود. عبا را درآورد و همانطور که جلو میان مردم پرتاب کرد قاپیدند زیر بغل آقا را گرفتند و از دست چپ رفت روی چهارپایه رو به بانک شاهنشاهی و پشت به نظمیه قریب ده دقیقه برای مردم صحبت کرد. چیزهایی که از حرفهای او به گوشم خورد و به یادم مانده اینها هستند: «خدایا تو خودت شاهدی که من آنچه را که باید بگویم به این مردم گفتم، خدایا تو خودت شاهد باش که من برای این مردم به قرآن تو قسم یاد کردم گفتند قوطی سیگارش بود. خدایا خدایا تو خودت شاهد باش در این دم آخر باز هم به این مردم می‌گویم که مؤسسین این اساس لامذهبین هستند که مردم را فریب داده اند این اساس مخالف اسلام است... محاکمه من و شما مردم بماند پیش پیغمبر محمدبن عبدالله...».
بعد از این که حرفهایش تمام شد عمامه‌اش را از سرش برداشت و تکان تکان داد و گفت از سر من این عمامه را برداشته‌اند از سر همه برخواهند داشت. این را گفت و عمامه‌اش هم همانطور به جلو میان جمعیت پرتاب کرد قاپیدند. در این وقت طناب را به گردن او انداختند و چهارپایه را از زیر پای او کشیدند و طناب را بالا کشیدند... تا چهارپایه را از زیر پای او کشیدند یک مرتبه تنه سنگینی کرد و کمی پایین افتاد اما دوباره بالا کشیدند و دیگر هیچ‌کس از آقا کمترین حرکتی ندید! پس از اینکه آقا، جان تسلیم کرد دستة موزیک نظامی پای دار آمد و همانجا وسط حلقه شروع کرد به زدن و مجاهدین با تفنگهایشان همینطور می‌رقصیدند. وقتی که موزیک راه افتاد مخالفین و ارامنه‌ای که توی ایوان جمع بودند کف می‌زدند و شادی می‌کردند.
* * *
جلال آل‌احمد در کتاب غرب‌زدگی جهات پیشروی فرهنگ غرب را بیان میکند تا به آنجا می‌رسد که می‌گوید «... و روحانیت نیز که آخرین برج و بازوی مقاومت در قبال فرنگی بود از همان زمان مشروطیت چنان در مقابل هجوم مقدمات ماشین در لاک خود فرورفت و چنان درِ دنیای خارج را به روی خود بست و چنان پیله‌ای به دور خود تنید که مگر در روز حشر بدرد چرا که قدم به قدم عقب نشست. اینکه پیشوای روحانی طرفدار مشروعه در نهضت مشروطیت بالای دار رفت خود نشانه‌ای از این عقب‌نشینی بود و من با دکتر تندرکیا موافقم که نوشت شیخ‌شهید نوری نه به عنوان مخالف «مشروطه» که خود در اوایل امر مدافعش بود بلکه به عنوان مدافع «مشروعه» باید بالای دار بود و من می‌افزایم – و به عنوان مدافع کلیت تشیع اسلامی – به همین علت بود که در کشتن آن شهید همه به انتظار فتوای نجف نشستند. آن هم در زمانی که پیشوای روشنفکران غرب‌زده ملکم‌‌خان مسیحی بود و طالبوف سوسیال دمکرات قفقازی و به هر حال از آن روز بود که نقش غرب‌زدگی را همچون داغی بر پیشانی ما زدند و من نعش آن بزرگوار را بر سرِ دار همچون پرچمی می‌دانم که به علامت استیلای غرب‌زدگی پس از دویست سال کشمکش بر بام سرای این مملکت افراشته شد. و اکنون در لوای این پرچم ما شبیه به قومی از خود بیگانه‌ایم...» (غرب‌زدگی، جلال آل‌احمد (1341)، ص 78–
